عنوان تحقیق: شبيه سازي و بهينه سازي راكتور بيولوژيكي توليدكننده بوتانولفرمت فایل: wordتعداد صفحات: 97شرح مختصر:تخمير نيمه پيوسته، روشي کارا و سودمند جهت توليد محصولات متابوليکي ارزشمند مانند سوخت های زیستی مي باشد. مدلسازي رياضي بيوراکتورهاي نيمه پيوسته با توجه به طبيعت گذرا و ناپاياي تخمير و همچنين پيچيدگي متابوليسم سلولي، مسأله اي بسيار دشوار و پيچيده است. در این زمینه برخی از محققین مدل هایی ساخت یافته ارائه کرده اند که نسبت به مدل های غیر ساخت یافته دقت و بازده بیشتری دارند. در اين تحقيق، مدل ساختار يافته دقيق و کاراي موازنة فلاکس پويا براي توصيف رفتار باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم)(clostridium acetobutylicum مطرح شده است. اين مدل حاصل تلفيق مدل پاياي متابوليسم درون سلولي و معادلات موازنة جرم پويا بر روي اجزاي اصلي برون سلولي مي باشد. مدل پوياي مذکور بر پاية شبکة متابوليکي بازسازي شدة 824_cellb بيان شده است. درمدلسازی فرايند تخمير نيمه پيوسته، جهت همبستگي توليد بوتانول و رشد ميکروارگانيسم، ژن هايCoATدر مدل 824_cellb حذف شده و ژن AAD بیش از حالت طبیعی بیان شده و شرايط اوليه و پارامترهاي عملياتي بهينه براي توليد بيشينه محصول مطلوب، مورد استفاده قرار گرفته است. اين پارامترها عبارتند از: زمان نهايي عمليات، حجم اولیه راکتور و دبي خوراک ورودي. روند كلي عمليات نيمهپيوسته به دوفاز عملياتي اسیدی (جهت رشد و تكثير باكتريها از غلظت كم تا غلظتي قابل توجه) و خنثی (جهت افزايش غلظت توده زيستي و جهت افزايش توليد بوتانول) با نرخ خوراك ورودي ثابت تقسيمبندي شده است. بهينه سازي در حالت نیمه پیوسته صورت گرفته است. شايان ذكر است كه نتايج به خوبي اهميت حدف ژن و بیان بیش از حد ژن را در تعيين شرايط عملياتي فرايندهاي نيمه پيوسته نشان مي دهد، در واقع مي توان گفت كه حدف ژن و بیان بیش از حد ژن در شرایط بي هوازي با حفظ ساير پارامترها نسبت به حالت بهينه، موجب افزایش ميزان محصول مطلوب(بوتانل) و کاهش ميزان توليد محصول نامطلوب(اتانول و استون) خواهد شد. استفاده از مدلهای ساختار يافته مبتنی بر آناليز موازنه فلاکس، بدون نياز به اطلاعات سينتيکی آنزيمی، قادر به مدلسازی دقيق رفتار ميکرو ارگانيسم ها می باشند.فهرستعنوان صفحه1- مقدمه. 21- 1- مقدمهاي بر بيوتكنولوژي.. 21-2- بيوتكنولوژي- يك هسته مركزي با دو جزء41-3- مقدمهاي بر فرآيندهاي تخميري.. 51-3-1- بخشهاي اصلي فرايند تخميري.. 71-3-2- محيط كشت تخمير صنعتي.. 82- مروري بر كارهاي گذشته. 112-1- مروري بر كاربردهاي كشت نيمهپيوسته (غير مداوم خوراكدهي شده)112-2- مروري بر توليد بوتانل از طريق كشت ميكروبي.. 132-3- مروري بر بهينهسازي فرايندهاي تخمير نيمهپيوسته. 133- فرايند. 163-1- طراحي فرمانتور173-2-كشت نيمه پيوسته (غير مداوم خواركدهيشده)193-2-1- مزاياي كشت نيمه پيوسته (غير مداوم خواركدهيشده)203-3- بوتانول(بوتیل الکل)223-3- 1-روش های تولید بوتانول.. 253-3-2-1- استفاده از بوتانول به عنوان جایگزین سوخت های فسیلی.. 253-3-1-2-تحقيقات انجام شده در زمينه توليد بيولوژيکي بوتانول 27فصل چهارم. 294- مدلسازي.. 304-1- مدلبيوراكتور نيمه پيوسته. 304-2- مدلهاي رشد ميكروارگانيسمها314-2-1- مدلهايساختار نيافته. 314-2-1-1- مدلهاي مونود، هالدن، كناك، تيسير و موزر314-2-1-2- مدل شبكه عصبي.. 334-2-2- مدلهايساختاريافته. 334-2-2-1- مدلهاي مبتني بر آناليز موازنه فلاكس (FBA)354-2-2-2- مدلهاي مبتني بر آناليز موازنه فلاكس پويا (DFBA)394-3- مدلسازي مورد استفاده در اين تحقيق.. 404-3-1- معادلات حاكم.. 414-4-1- مدل آناليز موازنه فلاکس پويا براي کشت ناپيوسته گونه طبيعي (وحشي) باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم 424-4-1-1- تعيين پارامترهاي بهينه معادلات جذب مواد غذايي 434-4-2- مدل آناليز موازنه فلاکس پويا براي کشت نيمه پيوسته گونه جهش يافته باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم 505- بهينهسازي.. 595-1- استراتژي عملياتي.. 616- نتايج، بحث و نتيجه گيري.. 646-1- نتايج حاصل از بهينه سازي.. 646-2- مطالعات موضوعي.. 676-3- بحث و نتيجه گيري.. 68منابع.. 70پيوست يك.... 74پيوست دو80فهرست شکل ها و نمودارهاعنوان و شماره صفحهشكل (3-1)- نمايي كلي از يك بيوراكتور پيوسته17شكل(3-2)- مواد شیمیایی تولیدی از بوتانول23شكل (4-1)- شبكه متابوليكي ساده اي از باكتري اي-كلاي36شكل (4-2)- روش FBA37شكل (4-3)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه طبيعي حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن44شكل (4-4)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس خروجي هیدروژن حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن45شكل (4-5)- نمودار تغييرات غلظت گلوكز در بيوراکتور ناپيوسته48شكل (4-6)- نمودار تغييرات غلظت توده زيستي در بيوراکتور ناپيوسته49شكل (4-7)- نمودار تغييرات غلظت محصولات در بيوراکتور ناپيوسته49شكل (4-8)- حذف ژن بصورت شماتيک51شكل (4-9)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن...52شكل (4-10)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس اتانول در سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن...47شكل (4-11)- رويه سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس بوتانل در سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن53شكل (4-12)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن 55شكل (4-13)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس اتانول در سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز، هیدروژن ورودي55شكل (4-14)- رويه سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس بوتانل در سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن ورودي56شكل (6-1)- تغييرات غلظت توده زيستي در بيوراکتور نيمه پيوسته65شكل (6-2)- تغييرات مقدار گلوکز در كشت نيمه پيوسته66شكل (6-3)- تغييرات مقدار محصولات در كشت نيمه پيوسته66شكل (6-4)- تغییرات ژنتیکی اعمال شده در میکروارگانیسم67فهرست جدول هاعنوانصفحهجدول (3-1)- استانداردهاي مواد مورد استفاده در يك فرمانتور پيچيده17جدول (4-1)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به سرعت رشد ويژه براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه طبيعي46جدول (4-2)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس اتانول براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه طبيعي46جدول (4-3)- مقادير فلاکس ماکزیمم هیدروژن و گلوکز براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در شرايط اسیدی و خنثی47جدول (4-4)- مقادير پارامترهاي بهينه معادلات جذب براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در فاز اسیدی47جدول (4-5)- مقادير پارامترهاي بهينه معادلات جذب براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در شرايط خنثی48جدول (4-6)- مقادير ميانگين درصد خطاي مطلق و نسبي مربوط به تغييرات غلظت گلوکز، توده زيستي، بوتانل، اتانول و استون در شرایط ناپیوسته50جدول (4-7)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به سرعت رشد ويژه براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (4-8)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس بوتانل براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (4-9)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس اتانول براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (6-1)- مقادير بهينه حاصل براي متغيرهاي تصميم گيري64جدول (6-2)- مقادير پارامترهاي كليدي در حل مسئله بهینه سازی65
شبيه سازي و بهينه سازي راكتور بيولوژيكي توليدكننده بوتانول
عنوان تحقیق: شبيه سازي و بهينه سازي راكتور بيولوژيكي توليدكننده بوتانولفرمت فایل: wordتعداد صفحات: 97شرح مختصر:تخمير نيمه پيوسته، روشي کارا و سودمند جهت توليد محصولات متابوليکي ارزشمند مانند سوخت های زیستی مي باشد. مدلسازي رياضي بيوراکتورهاي نيمه پيوسته با توجه به طبيعت گذرا و ناپاياي تخمير و همچنين پيچيدگي متابوليسم سلولي، مسأله اي بسيار دشوار و پيچيده است. در این زمینه برخی از محققین مدل هایی ساخت یافته ارائه کرده اند که نسبت به مدل های غیر ساخت یافته دقت و بازده بیشتری دارند. در اين تحقيق، مدل ساختار يافته دقيق و کاراي موازنة فلاکس پويا براي توصيف رفتار باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم)(clostridium acetobutylicum مطرح شده است. اين مدل حاصل تلفيق مدل پاياي متابوليسم درون سلولي و معادلات موازنة جرم پويا بر روي اجزاي اصلي برون سلولي مي باشد. مدل پوياي مذکور بر پاية شبکة متابوليکي بازسازي شدة 824_cellb بيان شده است. درمدلسازی فرايند تخمير نيمه پيوسته، جهت همبستگي توليد بوتانول و رشد ميکروارگانيسم، ژن هايCoATدر مدل 824_cellb حذف شده و ژن AAD بیش از حالت طبیعی بیان شده و شرايط اوليه و پارامترهاي عملياتي بهينه براي توليد بيشينه محصول مطلوب، مورد استفاده قرار گرفته است. اين پارامترها عبارتند از: زمان نهايي عمليات، حجم اولیه راکتور و دبي خوراک ورودي. روند كلي عمليات نيمهپيوسته به دوفاز عملياتي اسیدی (جهت رشد و تكثير باكتريها از غلظت كم تا غلظتي قابل توجه) و خنثی (جهت افزايش غلظت توده زيستي و جهت افزايش توليد بوتانول) با نرخ خوراك ورودي ثابت تقسيمبندي شده است. بهينه سازي در حالت نیمه پیوسته صورت گرفته است. شايان ذكر است كه نتايج به خوبي اهميت حدف ژن و بیان بیش از حد ژن را در تعيين شرايط عملياتي فرايندهاي نيمه پيوسته نشان مي دهد، در واقع مي توان گفت كه حدف ژن و بیان بیش از حد ژن در شرایط بي هوازي با حفظ ساير پارامترها نسبت به حالت بهينه، موجب افزایش ميزان محصول مطلوب(بوتانل) و کاهش ميزان توليد محصول نامطلوب(اتانول و استون) خواهد شد. استفاده از مدلهای ساختار يافته مبتنی بر آناليز موازنه فلاکس، بدون نياز به اطلاعات سينتيکی آنزيمی، قادر به مدلسازی دقيق رفتار ميکرو ارگانيسم ها می باشند.فهرستعنوان صفحه1- مقدمه. 21- 1- مقدمهاي بر بيوتكنولوژي.. 21-2- بيوتكنولوژي- يك هسته مركزي با دو جزء41-3- مقدمهاي بر فرآيندهاي تخميري.. 51-3-1- بخشهاي اصلي فرايند تخميري.. 71-3-2- محيط كشت تخمير صنعتي.. 82- مروري بر كارهاي گذشته. 112-1- مروري بر كاربردهاي كشت نيمهپيوسته (غير مداوم خوراكدهي شده)112-2- مروري بر توليد بوتانل از طريق كشت ميكروبي.. 132-3- مروري بر بهينهسازي فرايندهاي تخمير نيمهپيوسته. 133- فرايند. 163-1- طراحي فرمانتور173-2-كشت نيمه پيوسته (غير مداوم خواركدهيشده)193-2-1- مزاياي كشت نيمه پيوسته (غير مداوم خواركدهيشده)203-3- بوتانول(بوتیل الکل)223-3- 1-روش های تولید بوتانول.. 253-3-2-1- استفاده از بوتانول به عنوان جایگزین سوخت های فسیلی.. 253-3-1-2-تحقيقات انجام شده در زمينه توليد بيولوژيکي بوتانول 27فصل چهارم. 294- مدلسازي.. 304-1- مدلبيوراكتور نيمه پيوسته. 304-2- مدلهاي رشد ميكروارگانيسمها314-2-1- مدلهايساختار نيافته. 314-2-1-1- مدلهاي مونود، هالدن، كناك، تيسير و موزر314-2-1-2- مدل شبكه عصبي.. 334-2-2- مدلهايساختاريافته. 334-2-2-1- مدلهاي مبتني بر آناليز موازنه فلاكس (FBA)354-2-2-2- مدلهاي مبتني بر آناليز موازنه فلاكس پويا (DFBA)394-3- مدلسازي مورد استفاده در اين تحقيق.. 404-3-1- معادلات حاكم.. 414-4-1- مدل آناليز موازنه فلاکس پويا براي کشت ناپيوسته گونه طبيعي (وحشي) باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم 424-4-1-1- تعيين پارامترهاي بهينه معادلات جذب مواد غذايي 434-4-2- مدل آناليز موازنه فلاکس پويا براي کشت نيمه پيوسته گونه جهش يافته باکتري کلستریدیوم استوبوتیلیکوم 505- بهينهسازي.. 595-1- استراتژي عملياتي.. 616- نتايج، بحث و نتيجه گيري.. 646-1- نتايج حاصل از بهينه سازي.. 646-2- مطالعات موضوعي.. 676-3- بحث و نتيجه گيري.. 68منابع.. 70پيوست يك.... 74پيوست دو80فهرست شکل ها و نمودارهاعنوان و شماره صفحهشكل (3-1)- نمايي كلي از يك بيوراكتور پيوسته17شكل(3-2)- مواد شیمیایی تولیدی از بوتانول23شكل (4-1)- شبكه متابوليكي ساده اي از باكتري اي-كلاي36شكل (4-2)- روش FBA37شكل (4-3)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه طبيعي حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن44شكل (4-4)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس خروجي هیدروژن حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن45شكل (4-5)- نمودار تغييرات غلظت گلوكز در بيوراکتور ناپيوسته48شكل (4-6)- نمودار تغييرات غلظت توده زيستي در بيوراکتور ناپيوسته49شكل (4-7)- نمودار تغييرات غلظت محصولات در بيوراکتور ناپيوسته49شكل (4-8)- حذف ژن بصورت شماتيک51شكل (4-9)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن...52شكل (4-10)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس اتانول در سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن...47شكل (4-11)- رويه سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس بوتانل در سويه جهش يافته، حاصل از حل مکرر مسأله برنامهريزي خطي بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن53شكل (4-12)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير سرعت رشد ويژه سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن 55شكل (4-13)- رويه هاي سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس اتانول در سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز، هیدروژن ورودي55شكل (4-14)- رويه سه بعدي مربوط به مقادير فلاکس بوتانل در سويه جهش يافته، حاصل از شبيه سازي با شبکه عصبي مصنوعي، بر حسب فلاکسهاي ورودي گلوکز و هیدروژن ورودي56شكل (6-1)- تغييرات غلظت توده زيستي در بيوراکتور نيمه پيوسته65شكل (6-2)- تغييرات مقدار گلوکز در كشت نيمه پيوسته66شكل (6-3)- تغييرات مقدار محصولات در كشت نيمه پيوسته66شكل (6-4)- تغییرات ژنتیکی اعمال شده در میکروارگانیسم67فهرست جدول هاعنوانصفحهجدول (3-1)- استانداردهاي مواد مورد استفاده در يك فرمانتور پيچيده17جدول (4-1)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به سرعت رشد ويژه براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه طبيعي46جدول (4-2)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس اتانول براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه طبيعي46جدول (4-3)- مقادير فلاکس ماکزیمم هیدروژن و گلوکز براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در شرايط اسیدی و خنثی47جدول (4-4)- مقادير پارامترهاي بهينه معادلات جذب براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در فاز اسیدی47جدول (4-5)- مقادير پارامترهاي بهينه معادلات جذب براي سويه طبيعي باكتري کلستریدیم استوبوتیلیکم در شرايط خنثی48جدول (4-6)- مقادير ميانگين درصد خطاي مطلق و نسبي مربوط به تغييرات غلظت گلوکز، توده زيستي، بوتانل، اتانول و استون در شرایط ناپیوسته50جدول (4-7)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به سرعت رشد ويژه براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (4-8)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس بوتانل براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (4-9)- ميزان خطاي مطلق و نسبي شبکه عصبي مصنوعي انتخابي مربوط به فلاكس اتانول براي داده هاي آموزش و تست در مورد سويه جهش يافته54جدول (6-1)- مقادير بهينه حاصل براي متغيرهاي تصميم گيري64جدول (6-2)- مقادير پارامترهاي كليدي در حل مسئله بهینه سازی65