امروزه بعلت محدود بودن منابع آب شیرین ، حفظ و نگهداری این منابع امری اجتناب ناپذیر است. افزایش جمعیت نیاز به آب و محصولات كشاورزی را تشدید نموده و در نتیجه به منظور افزایش تولید مواد غذایی فعالیت های كشاورزی نیز به همان اندازه افزایش یافته است. ضرورت تولید محصولات بیشتر، عوارض جانبی را نیز به محیط زیست و منابع طبیعی وارد نموده است .فعالیتهای كشاورزی آلوده كننده هایی را در محیط زیست رها می سازد كه ممكن است تولید جریان آبهای سطحی یا آبهای زیر زمینی در فازهای مختلف سیكل هیدرولوژی باعث آلودگی منابع آب گردند . آلودگی منابع آب ممكن است باعث از بین رفتن و محدود شدن آبهای آشامیدنی، آب شرب دام ها، آبیاری، حیات آبزیان و فعالیت های تفریحی شود.در این راستا بسیاری از متخصصان و صاحبنظران برآنند كه منشأ آلودگی ها را تشخیص داده و برای رفع این مشكل ها راهكارهائی را ارائه نمایند. از مهمترین منبع آلاینده منابع آبهای سطحی و زیر زمینی فعالیت های كشاورزی است . بسیاری از بیماریهای انگلی و ویروسی ناشی از آلودگی منابع آب می باشد . آلودگیهائی كه منشاء آن فعالیت های كشاورزی است را بشرح زیر می توان نام برد : رسوبات ( sediment ) : رسوبات بدلیل قابلیت انتقال آلودگی منشاء آلودگی مهمی به شمار می آید. رسوبات دراثر فرسایش آبی یا بادی منتقل می شوند. رسوبات علاوه بر پر كردن حجم ذخیره مفید آبگیرها و نیز از بین بردن محیط زندگی ارگانیزم های آبزی و ماهیها، خود آلوده كننده های نظیر آرسنیك، روی، جیوه و فسفر را بهمراه دارند. شدت و میزان فرسایش آبی تحت تاثیر شدت و میزان فرسایش آبی تحت تأثیر شدت بارندگی، روان آب سطحی، فرسایش پذیری خاك ( متأثر از بافت، ساختمان، نفوذ پذیری و میزان موادآلی)، شیب زمین و پوشش گیاهی قرار دارد.فرسایش در اثر فعالیت های كشاورزی در آبیاری سطحی (جویچه ای و نواری) بخصوص اگر انتهای جویچه و نوار باز باشد، بسیار قابل توجه است.بنابراین در چنین مواردی با طراحی مناسب مزرعه و پوشش گیاهی و مدیریت صحیح آبیاری می توان فرسایش و بار رسوب را كاهش داد. مواد مغذی خاك: نیتروژن و فسفر اگر بیش از مقدار مورد نیاز گیاه در خاك مصرف شود، مقدار مازاد آن توسط آبشوئی به آبهای زیر زمینی پیوسته و یا توسط روان آب وارد آبهی سطحی خواهد شد. اگر مقدار این مواد بیش از حد استاندارد باشد باعث پدیده مغزی شدن آبها (Entruphication) شده كه به تبع آن رشد جلبك ها و سایر گیاهان آبزی و در نتیجه كاهش اكسیژن محلول آب، كاهش شفافیت آب و افزایش BOD آب را بهمراه خواهد داشت. آفت كش ها (Pesticide) شامل علف كشها، حشره كشها و قارچ كشها توسعه كشاورزی و استفاده بیش از حد از انواع آفت كشها، منشاء دیگری از آلاینده هاست. آفت كشها ممكن است بصورت مستقیم از طریق روان آبها، آبشوئی و پخش درهوا به منابع آب وارد شوند. انتقال آلودگی به خصوصیات فیزیكی و شیمیائی،روش و زمان كاربرد آن، شرایط آب و هوائی و خصوصیات زمین بستگی دارد. این مواد شیمیائی آلودگیهایی را ایجاد می كنند كه در درازمدت باعث اثرات سوء وزیانبار برمنابع طبیعی می گردد. بنابر این برای كاهش این آلودگیها حداقل استفاده از این مواد، بكارگیری روشهای بیولوژیك مبارزه با آفات و بیماریهای گیاهی توصیه می گردد. فضولات حیوانی (Animal wastes): فعالیتهای دامپروری به دو صورت متمركز و غیر متمركز باعث آلودگی آبهای سطحی و زیر زمینی خواهد شد. فضولات دامی به علت داشتن كلیفرم ممكن است باعث ایجاد بیماریهای مسری و عفونت های روده ای در انسان گردد. وجود بیش ار حد این مواد باعث افزایش مواد آلی و BOD آب خواهد شد. بنابراین برای كاهش این آلودگیها روش های مدیریتی صحیح پخش كودهای دامی، دور كردن دامپروریها از منابع آب، جلوگیری از چرای بی رویه دامها و دور كردن دامها از آبراهه ها، راهكارهائی است كه می تواند مؤثر باشند. نمك ها و عناصر كمیاب : ( salts and trace elements ) آبیاری اراضی كشاورزی با آبهای شور در طولانی مدت مقدارنمك را در سطح یا پروفیل خاك افزایش خواهد داد. این نمكها (شامل نمك های طبیعی، HCO۳ ، K ، NA ، MG ، و غیره) توسط آب آبشوئی به آبهای زیر زمینی پیوسته و یا توسط زهكش ها به آبهای سطحی تخلیه خواهند شد ، این زه آبها حاوی نمك ها و عناصری هستند كه از آب آبیاری و یا شسته شدن نمك های خاك ناشی می شوند. بنابر این استفاده از آبهائی با كیفیت مناسب، مدیریت صحیح آبیاری و استفاده از روش های مدرن آبیاری با بازده بالا می تواند مقدار آب آبشوئی را كاهش داده و به همان اندازه در حفظ منابع آب موثر باشد. بنابراین با توجه به اهمیت حفظ منابع آبی و به منظور تداوم پیشرفت و توسعه كشاورزی، توجه به روش های مدیریت كیفی كشاورزی برای حفظ محیط زیست باید مد نظر قرار گیرد.